Auf der hydra sind die folgenden Anwendungsprogramme verfügbar:
| Flow-3d |
| Ansys |
| Marc |
| Matlab |
| Maple |
| Uniras |
Auch diese sind auf der hydra nur für Probleme mit großen Speicheranforderungen vorgesehen; bei kleineren Problemen verwende man das zentrale Workstation-Cluster oder eigene Workstations.